Los «parásitos» son criaturas del tamaño de una pelota de tenis cuyos números y orígenes se desconocen. Invaden y se apoderan de la mente humana para poder sobrevivir. Shinichi Izumi es un estudiante de secundaria de 16 años que vive con sus padres en una zona tranquila.
Una noche, el cuerpo de Shinichi es invadido por un parásito en un intento por controlarlo. Sin embargo, no logra completar el proceso de captura y termina solo en su mano derecha. Por lo tanto, tanto Shinichi como el Parásito, que se hace llamar Migi, conservan sus mentes individuales.
Ahora, en una peculiar relación «humano-alienígena», Migi los invita a cooperar para poder sobrevivir. Shinichi no tiene más remedio que estar de acuerdo y ahora debe aferrarse a su moral mientras él y Migi se enfrentan a otros parásitos sedientos de sangre.