Aclamado como el salvador del Departamento de Policía japonés, el detective de secundaria Shinichi Kudou usa una combinación de observación, pensamiento crítico y conocimiento integral para resolver casos que desconciertan a la policía.
Un día, mientras paseaba con su amigo de la infancia Ran Mowry, Shinichi es testigo de una transacción sospechosa entre dos hombres y lo atrapan. Como resultado, se ve obligado a beber un veneno que se suponía que lo mataría, pero inesperadamente redujo su cuerpo al tamaño de un niño en edad escolar. Creyéndose muerto, Shinichi adopta el alias Konan Edogawa (una combinación de los nombres de los famosos escritores de misterio Arthur Conan Doyle y Ranpo Edogawa) para ocultar su identidad y comienza una nueva vida como un niño de siete años que vive con Ran y su padre como detective privado.
Meitantei Konan sigue a Konan mientras continúa resolviendo casos de asesinato mientras intenta exponer a quienes lo redujeron y finalmente restaurar su cuerpo.